埃及开罗爆发一种快速传播的恶性疾病，美国疾控中心专家Rachel Scott医生来到当地查看情况。
眼前的惨状令Rachel心情沉重。当地医生告诉Rachel，只要病人身上出现斑点，他们最多还能活两天。
Rachel对这种疾病无能为力，她只是从最新的病人身上抽取血液样本后便匆匆离开了。
末日孤舰第二季第2集剧情介绍Rachel表示一旦从卡拉腹中孩子身上提取到治愈药，卡拉以及内森·詹姆斯号上的所有人一定会被杀。
末日孤舰第二季剧照
千钧一发之际，舰长带领伙伴们展开救援行动。
末日孤舰第二季第3集剧情介绍Rachel接到导师Dr.Hunter的电话很是激动，眼含热泪表示自己很健康的活着，并且已经研制出治疗恶性疾病的药物。
末日孤舰第二季第4集剧情介绍美国海军平静号医务船在两周前离开诺福克军港，并且经过特殊改造，Rachel怀疑这就是诺福克那个消失的实验室。
末日孤舰第二季第5集剧情介绍“内森·詹姆斯”号航行中监测到一艘运行相当平静的潜艇，因距离较远，而无法判断其运行航向，同时潜艇也监测到了驱逐舰并打算拦截。
末日孤舰第二季第6集剧情介绍Dr.Hunter在袭击前给Rachel发了一段视频，视频中Dr.Hunter说自己已经找到了治愈药的研究方法，但未来得及把配方传给Rachel就遭到了袭击。
末日孤舰第二季第7集剧情介绍内森-詹姆斯号在牙买加附近收到一个紧急求救信号，Chandler率领一支小分队展开营救任务。
但是他们遭遇一场出人意料的攻击，Chandler和Tex被困在大海之上。
Slattery和其他船员不顾一切地搜寻在海上失踪的船长和战友。如果让敌人抢先找到他们，后果不堪设想。
末日孤舰第二季第8集剧情介绍Mike Slattery看到了一段关于末日孤舰第二季第二顺位总统继承人的视频，她表示如果Scott博士研制出治愈药，船员们就必须立刻赶回国。
然而当船员们赶回国的时候却发现形势不容乐观。他们在研究如何大批量生产治愈药时遇到了麻烦。
与此同时，Chandler舰长等人在视频中观察着Slattery对这些消息会作何反应。
末日孤舰第二季第9集剧情介绍Scott邀请Niels一起看看她关于雾化治愈药物的研究，而这一研究需要贻贝。
Wolf和Cruz负责去采集剧情介绍贻贝。
船员们遇到了Ray Diaz，他是一名大二学生，曾有人告诉他们海军所发的治愈药其实是在注射病毒，并给了他们食物和枪支。
Chandler舰长希望通过Ray Diaz找到这些赏金猎人。
末日孤舰第二季第10集剧情介绍船员们抓获了三名俘虏，他们在俘虏身上发现了无法使用的手机，希望得知这些手机的用途，破解手机网络。
与此同时，Scott博士表明自己要研究如何改造疫苗。而舰长等人也在调查着Niels的死因。
末日孤舰第二季第11集剧情介绍新奥尔良陷入一片火海，船员们尽全力把幸存者从水里捞出来。
船长从眼镜蛇小队处得知，被冲上岸的残骸里有水雷的碎片，看起来像是绑在了一艘帆船的船体上。
情况紧急，船长下令继续搜救，并随时报告情况。
末日孤舰第二季第12集剧情介绍舰长下令不等拉姆齐先发制人，要与他们决一死战。
舰长计划让总统先生与最具经验的船员一起登陆。
总统先生作为最高统帅，当然不同意这样的安排，可他也别无选择。
末日孤舰第二季第13集剧情介绍(大结局)总统通过广播号召全国人民到达临近的港口接受治愈传染的药物，并公布了詹姆斯号未来几天具体的停泊位置。
民众得知这一消息大受鼓舞，但船员们却为詹姆斯号的安危表示担忧。
